杭锦后旗农畜产品质量安全检验检测站建设于2010年，是全国首批建设的100个旗县检测站之一。拥有高效液相色谱仪、气相色谱仪等高精密度仪器设备96台（套），于2013年首次取得资质认定（CMA）和农产品机构考核合格证书（CATL）“双认证”。检测技术队伍全部为中青年干部，共16人。其中，能够开展抽样检测的技术人员6名。可检测初级农产品理化指标、农药残留、兽药残留、水产品药物残留、重金属元素等130种参数，每年可检测农畜产品样品650批次。
一、发挥牵头作用，夯实旗镇检测体系。旗检测站充分发挥带头作用，每年对乡镇站的检测人员和规模化农牧业生产经营主体开展农兽药残留快速检测等专业培训，不断提升检测能力水平。通过指导，建设高标准镇级检测站10个，为守好“最初一公里”农畜产品质量安全提供保障。建设生产基地检测站5个，为生产主体就近开展检测提供便利。2023年，旗、镇和基地检测站共开展农药残留定量检测650批次、快速检测3200批次，畜产品定性检测2100批次，合格率均为100%。
二、发挥前哨作用，着力排查风险隐患。旗检测站以蔬菜、水果、畜禽产品、水产品为重点，不断强化风险排查力度。一是摸清底数。组织镇监管员、协管员开展生产主体摸排，指导108家生产主体在内蒙古自治区农畜产品质量安全大数据智慧监管与服务平台上进行备案管理。二是多形式抽检。制定抽检计划，认真执行“双随机”要求，通过风险监测、监督抽查等方式深挖农畜产品质量安全问题隐患。近三年累计抽检各类农畜产品1970个，未检出不合格农畜产品。
三、发挥检测作用，助力农畜产品绿色高质量发展。充分发挥旗、镇、基地三级监测站的功能，为全旗6家认证绿色有机和名特优新的农畜产品生产企业提供农产品质量安全快检技术服务和指导。每年至少完成2次认证产品基地瓜果蔬菜的专项监督检查，确保认证产品质量有保障。2023年，对6家认证企业的15个产品进行检测，提供速测服务63批次，均未发现农兽药残留超标问题。