内蒙古新媒体协会由内蒙古党委网信办主管，经由内蒙古民政厅批准成立，致力于服务内蒙古新媒体内容全产业链的自治区级网络社会组织，承担着规范、引领和促进全区新媒体行业健康发展的职责使命。
协会目前拥有会员单位495家，腾讯内蒙古、新浪内蒙古、抖音内蒙古在内的常务理事单位7家，包括内蒙古公安厅、检察院、高级人民法院、 司法厅、教育厅、消防救援总队、市场监督管理局、内蒙古日报社、广播电视台、实践杂志社、呼和浩特市委网信办在内的15家名誉理事单位。
内蒙古新媒体协会下设内蒙古新媒体研究中心、内蒙古微圈、内蒙古腾讯企鹅新媒体学院等机构。
内蒙古微圈是由内蒙古党委网信办批准成立的自媒体管理机构，负责内蒙古属地自媒体、网红达人的管理和孵化。
内蒙古新媒体研究中心是内蒙古党委宣传部、网信办联合内蒙古师范大学成立的新媒体研究机构，致力于研究内蒙古新媒体数据、排名指数和生态构建。
内蒙古腾讯企鹅新媒体学院于2017年由内蒙古党委网信办、内蒙古日报社、内蒙古大学、内蒙古师范大学、腾讯公司联合成立，主要负责培训孵化内蒙古优秀高质量新媒体人才，截止目前已经开展了100多场线上线下培训，拥有系统课程10门，全国授课导师近百人。
内蒙古新媒体协会同时还是内蒙古微视频工作室秘书长单位、清博大数据内蒙古授权合作伙伴、内蒙古师范大学人才实训基地、爱上内蒙古正能量网红孵化基地运营单位。