2020年，巴彦淖尔市杭锦后旗全力推进农业面源污染防治工作，探索产品安全、资源节约、环境友好的现代农业发展之路，推进农业绿色可持续发展，农业面源污染治理取得了新进展。
控肥增效。应用增施有机肥、配方施肥、机械施肥、农机农艺融合等多种技术，推广配方肥、新型肥料，创建化肥减量增效示范区。新建配肥站9个，其中合作社新建液体配肥站2个，肥料经营户新建固体配肥站3个。
控药减害。统一印制农药废弃包装物回收标识，对贴标的农药废弃包装物实行有偿回收，加强全旗禁限用农药经营点的监管，推行农药实名制购买制度。2个农药包装废弃物镇级回收点正在建设。
控水降耗。在科技示范园区、设施农业、玉米生产上配套水肥一体化工程，推广水肥一体化“井黄双灌”技术。有序推进土地规模化经营与优势农作物轮作倒茬，推广小麦套葵花、小麦套玉米等立体栽培模式。
控膜提效。在小麦、玉米上，区域化、规模化开展粮粮轮作、粮油轮作，鼓励农民带头使用0.01毫米厚地膜，推广一膜两用技术，开展青贮玉米不覆膜种植，在园区内示范推广生物可降解地膜。残膜回收面积50万亩。
秸秆综合利用。制定了2020年秸秆综合利用项目实施方案，重点推广秸秆机械化粉碎还田、饲料化利用，完善秸秆综合利用体系。完成肥料化利用量4.1万吨，饲料化利用量13.8万吨，燃料化利用量1.5万吨。
畜禽粪污资源化利用。整旗制推行科学堆沤、以草换粪、政策补贴、工程转换、专项资金推进措施，规模化养殖场粪污利用率达到95%以上，污水利用率达到92%，设施设备配套率100%。