内蒙古医科大学蒙医药学高等教育始于1958年。当时设置的中蒙医系是全国西医院校中设置民族医学专业最早的系部之一。1980年开始培养全国首批蒙医学专业研究生，2005年和2011年分别与北京中医药大学和天津中医药大学联合培养民族医学（蒙医学）和中药学（蒙药学）专业博士研究生。中医学（蒙医学）学科于2018年获得博士学位授权一级学科。2006年和2007年分别开始招收蒙药专业本科生和护理专业（蒙医方向）本科生。
蒙医首届(58级)毕业生全体合影
学科目前拥有国家中医药管理局重点学科2个；教育部全国高等学校重点建设特色专业2个；内蒙古自治区重点学科1个；内蒙古自治区级品牌专业；第一批高等学校“专业综合改革试点”项目1项；国家级实验教学示范中心1个；国家级虚拟仿真实验教学中心1个；国家级教学团队1个；内蒙古自治区“草原英才”工程创新团队3个；自治区蒙医药协同创新培育中心1个；内蒙古自治区工程技术研究中心1个；自治区级教学团队2个；自治区级精品课程5门。已成为全国少数民族医学教育中历史最长、规模最大，专业人才最多，办学层次最高，科研学术水平在国内外居于领先地位的一个特色优势学科。
学科在编教职工85名，其中专业技术人员75名（专任教师65名、教辅9名、馆员2名、其他专业技术人员1名）；行政管理人员9名。在编教师（教辅）中具有高级职称人员33名；具有博士学位28名、硕士学位42名；博士生导师14名、硕士生导师42名。被评为“国医大师”2名；全国先进工作者1名；入选国家百千万人才工程人选1名；国家突出贡献中青年专家1名；全国“五一”劳动奖章1名；中国“五四”青年奖章1名；“中国百名杰出青年中医（民族医）”金奖1名；全国民族地区杰出青年1名；全国卫生系统先进个人1名；全国“三八”红旗手1名；全国“巾帼建功”标兵1名；第八届中国十大杰出青年1名；全国“十行百佳”妇女1名；全国卫生系统模范工作者1名；享受国务院政府特殊津贴专家3名；国家级非物质文化遗产代表性传承人1名；全国优秀教师1名；中医药高等学校教学名师1名；自治区杰出人才奖获得者3名；自治区“草原英才”4名，自治区突出贡献专家5名，入选自治区新世纪“321”人才工程5名，自治区名蒙医7名，自治区名老蒙医药师传承11名，自治区医疗卫生学术带头人2名，自治区优秀专业技术人员（记一等功）1名，自治区级非物质文化遗产代表性传承人2名，自治区教学名师2名，自治区教坛新秀3名，全国百佳女中医师1名，自治区劳动模范2名，自治区“五一”劳动奖章者1名，自治区优秀教师2名。
六十年来，学院在人员结构上经历了由首届国医大师苏荣扎布教授、第二届国医大师吉格木德教授、原卫生部学部委员白清云教授、全国首位蒙医学博士生导师罗布桑教授等为代表的老一辈专家创业，中年学者精心传承，青年学科带头人崛起等学科梯队发展历程；专业方向上经历了由传统文献整理到现代实验研究，辩证论治研究到其机理机制研究等不同层次上的定位与领域发展过程。呈现出专业方向明确，研究领域拓展，学术水平不断提升，科研成果显著，与现代医药学、中医药学紧密结合，相互促进，共同发展的大好局面。目前设有蒙医学、蒙药学和护理学（蒙医方向）三个专业；蒙医基础理论、蒙医医史文献学等15个教研室和3个行政科室以及1所附属蒙中医院（蒙医临床研究中心）；建有自治区蒙医药博物馆和蒙医传统疗法学实验中心、蒙药炮制实验中心、蒙医药基础实验中心、蒙医临床技能实训中心等4个实践教学中心；有自治区国际蒙医医院等13所教学医院。目前注册全日制本科生有1284名，硕士研究生157名，博士研究生14名，留学生105名，是内蒙古自治区培养蒙医药高级人才的主要教学基地。学院一直以蒙医本科教育为主并结合地区特点，积极发展研究生教育。已为国内外培养蒙医药专业博士研究生36名，硕士研究生314名，本科生2545名和蒙古国留学生280名，其中多人已成为蒙医药及相关领域的学术带头人或学术骨干。
学院全体教师始终坚持教学、科研、临床相结合，以科研促教学，以教学带科研。已编写出版多部全国蒙医药院校统编教材和适应不同层次人才使用的蒙医药学教学参考书。出版专著108部、教材50部；获得省部级以上科技进步奖、教学成果奖和图书奖24项。主持完成国家和自治区级重点科研课题59项，其科研基金已达1400余万元。近年来积极与国内各中医药院校、部分西医院校及美国奥克拉何马大学医学院、日本富山医科药科大学、蒙古国国立医科大学等院校在人才引进、学者互访、人才培养、科研合作、医疗合作等方面进行广泛深入的联络与交流。
蒙医专业
本专业修业年限为5年，要求系统掌握蒙医学、现代医学理论和实践能力，能熟练准确运用蒙医学及现代医学诊治方法对常见、多发病进行诊断治疗，能对急危重病症进行处理，了解蒙医学及现代医学的比较与学术的发展状态，掌握一门外国语；主要培养具备蒙医学的基本理论、知识和技能，基本掌握现代医学基础知识和基本诊疗技能，具备较强的蒙医临床思维能力和实践能力，以及蒙西医基本知识的结合应用能力，适应社会与蒙医药事业发展的从事蒙医教学、科研、医疗、预防等方面工作的蒙医学专门人才。
主干学科：蒙医药学、基础医学、临床医学。
核心课程：蒙医基础理论、蒙药学、蒙医方剂学、蒙医诊断学、蒙医内科学、蒙医外科学、蒙医妇科学、蒙医儿科学、蒙医传统疗法学学及疗术治疗学、蒙医温病学、蒙医传染病学、蒙医骨伤学、人体解剖学、诊断学、内科学等。
就业方向：该专业毕业生社会容量大，就业广面，适应能力强，可到医院研究部门、医学院校和各级医疗卫生单位及大中型医院从事科研、教学、医疗工作和管理工作，也可以毕业当年报考蒙医文献研究或蒙医学临床各学科硕士研究生，继续深造。
蒙药专业
本专业修业年限为4年，主要培养具备蒙药学基础理论、基本知识、实验技能以及与其相关的药学、化学等方面的相应知识和能力，能在内蒙古自治区为主要区域的蒙药生产、使用、监督管理和研发领域从事蒙药鉴定分析、炮制加工、蒙药制备、栽培、质量控制及指导临床合理用药和设计实施科学研究等方面工作的应用型人才。
主干课程：蒙药学、化学、蒙药药理学
核心课程：蒙医基础理论、蒙药学、蒙医方剂学、蒙药药用植物学、蒙药化学、蒙药鉴定学、蒙药炮制学、蒙药药剂学与加工学、蒙药药理学、蒙药资源、蒙药分析、药事管理。
就业方向：蒙药制药企业、蒙药研究部门、食品卫生监督管理部门、药品检验部门、医院药剂科、食品生产企业、医院、疗养院、康复中心（从事食谱、药膳、工艺设计、质量评价等研究工作）等部门或报考蒙药学硕士研究生，继续深造学习。
护理专业（蒙医方向）
本专业修业年限为4年，主要培养德、智、体、美、劳全面发展的，系统掌握蒙医护理、现代护理以及相关学科理论和技能，具备人文社会科学基本知识、蒙医学和现代医学基本知识、预防保健基本知识和临床护理技能的基本训练，能从事蒙医临床护理、预防保健、护理教育、护理管理、护理科研工作的护理学专门人才。
主干学科：蒙医学、基础医学、临床护理学
核心课程：蒙医基础理论、蒙医护理学基础、蒙医诊断学、蒙医方剂学、蒙医传统疗法护理学、蒙医临床护理学、系统解剖学、生理学、病理学、护理学导论、护理学基础、内科护理学、外科护理学、妇产科护理学、儿科护理学、护理药理学、护理管理学等。
就业方向：该专业毕业生社会容量大，就业面广，适应能力强，可到医学研究部门和各级医疗卫生单位及大中型医院从事科研、教学、护理工作和管理工作，也可在毕业当年报考蒙医护理或蒙医临床各学科硕士研究生，继续深造。