近年来，巴彦淖尔市以绿色发展为主攻方向，改造提升农畜产品加工等传统产业，培育壮大电子商务、清洁能源、文化旅游等战略性新兴产业，推动市域经济转型升级。
巴彦淖尔市全面落实主体功能区规划，围绕“三线四区”（沿河、沿山、沿边，套区、牧区、沙区、湖区），优化国土空间开发格局和产业布局，严守环保红线，成为全国国土资源节约集约模范市和首批生态文明先行示范区。
围绕乳、肉、绒、粮油、番茄、瓜果蔬菜等优势特色产业，巴彦淖尔市积极引进、培育产业化龙头企业，全市销售收入500万元以上的规模化龙头企业达到271家，带动20万农牧户参与其中，成为全国地级市中最大的肉羊、有机牛奶、向日葵、脱水菜、番茄生产基地，已有242个产品、310万亩基地获得无公害绿色有机农产品认证，7个产品获得国家地理标志登记保护。今年上半年，全市农畜产品加工业增加值同比增长10.5%。其中，乳制品、植物油加工、纺织业、蔬菜水果和籽仁加工，同比分别增加33.5%、20.0%、9.5%、8.5%。
该市借助“互联网+”重构农产品供应链，利用羊畜产品电子交易平台、河套电子商务产业园区、“易供销”电商平台、三瑞农科渤海商品交易所、力农集团e牧宝等7大平台，开展现代新型信息技术电子商务活动，实现互联网与现代农牧业和商贸物流等产业的融合发展，让传统农业长出新芽。今年上半年，全市电子商务企业数达到958家，比去年同期新增87家，交易额实现23.1亿元，同比增加40.9%。其中，羊畜产品电子交易中心实现交易额6778.3万元，同比增长23.3%；渤海商品交易所五原营业部葵花籽线上实现交易额20.5亿元。
依托丰富的风能、太阳能资源优势，巴彦淖尔市围绕“清洁”抓转化生产，围绕“输出”抓通道建设，先后有国电龙源、国电电力、国华、中电投、鲁能、华能、大唐、华电、盾安等30多家公司进驻开发风光电项目，构建起升级版的清洁能源产业。截至目前，全市已并网风电285万千瓦，光伏79万千瓦，光电装机累计达到364万千瓦，占电力总装机的64%，清洁能源基地初步成型。
该市将旅游业作为战略性支柱产业来打造，按照全域旅游理念加快开发精品旅游线路，重点推进黄河河套文化旅游区5A级景区创建，推进河套农耕文化博览苑、乌梁素海、乌拉山国家森林公园、纳林湖、多蓝湖、匈奴城、乌拉特部落等景区提档升级，黄河游、草原游、沙漠游、口岸游等特色旅游蓬勃兴起。上半年全市接待游客198.9万人次，实现旅游收入19.77亿元，同比分别增长18.1%和15.6%。